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产前亲子鉴定可依照以下三个方式进行。
胎儿绒毛组织：怀孕11-16周，一般由在B超引导下采集胎儿绒毛组织。
胎儿羊水鉴定样本：怀孕16周以上，上多以穿刺手术采集5ml左右胎儿羊水样本。相比之下，怀孕16周后，胎儿发育渐入平稳期，提取少量羊水不会影响其正常生长发育，因此对胎儿及产妇影响较小，相对安全可靠。
血液鉴定样本：怀孕5周以上，且B超显示胚芽达到3mm以上，就可以通过采集母体外周静脉血10ml左右作为样本进行鉴定。这种鉴定方式无痛，无感染风险，相比较其他两种方式更加安全可靠。

产前亲子鉴定，也称胚胎期亲子鉴定、胎儿亲子鉴定，是指利用基因技术胎儿遗传意义上的父亲。当胎儿遗传意义上的父亲是谁不得而知时，产前亲子鉴定可从孕妇羊水或静脉血（采取孕妇静脉血为样本的亦称无创亲子鉴定 ）及胎儿绒毛中提取胎儿DNA，通过胎儿的DNA（脱氧核糖核酸）确认亲缘关系。

孕期孕妇有时候对腹中胎儿的身份怀疑，需要进行产前亲子鉴定进行身份的确认。目前产前亲子鉴定方法有如下几种，一种是进行羊水检测。羊水检测需要孕周16周以上，由的妇进行羊水的抽取进行DNA的检测，这种检测不足之处在于，需要孕周比较大，第二，因需要抽取羊水，对胎儿可能存在一定的宫内感染和流产的风险，所以现在全球实验室都提倡孕妇进行产前无创亲子鉴定，进行身份的确认。

产前无创亲子鉴定，只需要孕期满5周或5周以上，直至产前，都可以采取无创亲子鉴定。无创亲子鉴定，不需要抽取孕妇羊水，只需要外周血15毫升。因孕妇的外周血中含有胎儿的游离DNA，通过胎儿DNA与疑似父亲的DNA进行比对，就可检测出真实的数据。
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